新書
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- 1暗房與光 : 臺灣白色恐怖詩選 共兩冊
- 2搜查瑠公圳 共兩冊
- 3哭聲 (圖像版)
- 4查無犯罪事實 共兩冊
- 5告密者 (圖像版)
- 6江南案拼圖：改變中華民國國運的關鍵
- 7成為幽魂的總統：一段跨越三代的家族記憶與臺灣獨立運動往事Where Every Ghost Has a Name: A Memoir of Taiwanese Independence
- 8反攻大陸與臺灣：中華民國統一的構想與挫折
- 9神祕列車
- 10濟州四．三：跨越沉默，讓真相走向世界
- 11曙光來臨之前：15位前輩藝術家的時代散策
- 12窗
- 13我的奶奶，總是聽見奇怪的聲音
- 14火鳥的聖歌：小說鄭南榕
- 15臺灣政治有意思！若林正丈的臺灣民主化現場
